Considerando a fragilidade do sistema formador de médicos no Brasil, o CFM tem atuado na Justiça para garantir o pleno processo de ensino na área. Recentemente, o ministro do STF, André Mendonça, deferiu medida cautelar suspendendo atos administrativos da Universidade de Gurupi relacionados ao curso de Medicina em Colinas do Tocantins. Essa ação vai de encontro a uma liminar concedida anteriormente pelo ministro Flávio Dino, que proibia a criação de novos cursos fora da sede do município de origem.

O CFM e a AMB entregaram um documento ao ministro Edson Fachin, do STF, defendendo critérios mínimos para a formação dos estudantes de medicina. Além disso, o Conselho Regional de Medicina do Espírito Santo teve reconhecido pela Justiça Federal o direito de alertar sobre a oferta irregular de um curso de Medicina em Cariacica, sem autorização do MEC, e teve sua atuação legitimada pelo juízo federal no estado.

O presidente do CFM, José Hiran Gallo, também se reuniu com o ministro Edson Fachin para apresentar argumentos sobre a abertura de novos cursos e vagas de medicina no país.